对于是否应设立类似于西国“海部”的机构，除上述李绍泉系统发表设立“海部”的理由外，多数督抚亦发表赞同意见，仅仅在机构的名称、衙门设置的地址、职官的称谓等问题上有不同主张。林逸青主张：总提海防大纲者，“名曰海防全政大臣，或名曰海部大臣。凡一切有关海防之政，悉由该大臣统筹全局，奏明办理。畀以选将练兵、筹饷、造船、制炮之全权，特建衙署驻扎长江，南拱闽粤，北卫畿辅。”会办北洋事宜大臣吴大澄主张：“在京城添设总理水师衙门，特派公忠体国晓畅戎机之亲王总理水师事宜，沿海各省督抚均归节制。又拟于疆吏中钦派威望素著、熟悉洋务之大臣一员督办水师，加总理水师衙门大臣衔，各口分驻兵轮均归调遣。”福州将军穆图善主张：“海部宜设天津，置尚书部曹，直、江、闽，并请加海部尚书衔。”，彭玉林则主张：“总理海防之大臣开府于苔湾。”
第二，关于乾国海军应分设几支舰队为宜的问题。这是海防筹议中督抚们议论最多，且分歧最大的问题。
乾国海军应分几支舰队，即如何分区设防问题，早在彤光之交“海防筹议”中已议及。丁雨生在《海军水师章程》六条中曾提出分设“北洋、东洋、南洋”三支舰队的设想，李绍泉在《筹议海防折》中附议了丁雨生的方案。总理衙门考虑到“财力未充，势难大举，只可量力择要筹拟”，故最后决策：“先就北洋创设水师一军，俟力渐充，就一化三，择要分布。”然而，这个“就一化三”的海军建设方针，并没有得到认真贯彻。作为督办南洋海防事宜的沈佑郸于9078年3月上奏朝廷，认为：“派定南洋海防经费，若仍悉数解归北洋，似臣博推让之美名，而忘筹防之要务”，请求仍按原议，将海军经费半解南洋。不久，沈佑郸又奏定“各省协款每年解南北洋各二百万两，专储为筹办海军之用，期以十年成南洋、北洋、粤洋海军三大支。”因此，在海军开始筹办不久，实际上就形成了北洋、南洋、粤洋（福建、广东二支）三洋四支舰队同时筹办的局面。
在“乙酉筹议”中，督抚们根据各自不同的认识，提出了四种分区设防方案：
第一种方案，李绍泉、林逸青、张芝栋、吴大澄等主张设立一支统一的（部、镇、旅）舰队。李绍泉认为：“中土洋面广袤万里，南须兼顾苔湾孤岛，北须巡护朝鲜属邦，非有大支得力水师，万不敷用。”林逸青主张：“海军宜统练一军，可分驻地方，临事归中枢统一调遗。”张芝栋主张：“设海军四镇：直、东奉为一镇，江、浙、长江为一镇，苔湾为一镇，广东为一镇。有战事时归于一军，统一调配。”吴大澄主张：“练海师四小支：直、东为一支；闽、广为一以；江、浙为一支；有事归为一大支，可游击，可护口。”
第二种方案，丁雨生、秦钟简等主张分设三支舰队。在两江总督任内期间，丁雨生曾建议沿海各省宜分设三支水师，每支精练水军万人。此次筹议中，他仍力主练三支水师，“每支铁甲大小以四号为度，碰快兵船二十号，另设鱼雷船四五号，运船两三号，统领以水师提督为之，帮统以水师总兵为之，各省海口仍须酌留轮船数号防护炮台、运送军火，不与征调。北洋水师设于津沽，兼顾奉东各口；中洋水师设于吴淞，兼顾浙江定镇各口；南洋水师设于台澎，兼顾粤东琼、廉各口。”秦钟简主张水师“分奉天、直隶、山东为一军；江苏、浙江为一军；福建、广东为一军，分设统领，不归督抚，有事更立大帅。”
第三种方案，彭玉林主张建立两支舰队。他说：“设一总统驻吴淞，分设两大镇：一驻大沽，直隶及盛京、山东、江南各口属之；一驻厦门，浙江、福建、苔湾、广东各口属之。”
第四种方案，曾伯恒主张分设十支舰队。他说：“设海军十大军，每军铁甲、快船、炮船、鱼雷等皆备，设统领一员，帮统一员。以八军分驻各省海口，其余二军一巡东洋，一巡西洋，每年轮换。”
第三，关于筹饷问题。这是此次筹议中督抚们议论比较集中的问题，也是一时难于认真落实的问题。
彤光之交“海防筹议”后，朝廷决定每年拨银四百万两作为筹办海防经费。但这笔经费常无着落，且时被挪作他用。李绍泉在之前的奏折中曾无可奈何地说：“光旭元年奉拨南北洋之海防经费名为四百万，大半无著，岁各仅得银数十万，只能备养船购器零用而已。”今朝廷主张“巩固海防，大兴海军”，李绍泉提出：“每岁须筹提银五百万两以大办海军之需，约计十年当可成军。”为解决庞大的海防经费，督抚们提出了种种开源节流的主张。
李绍泉主张“以轻息借洋款”、“酌提各关洋药加税”及“依洋法精印钞票”发行，使“公家常得无息之借款”；曾伯恒主张“加洋税”和“裁额兵十分之六，裁勇十分之一，减沿海水师及艇船，以节糜费”；张芝栋主张“访求矿师开采福建之穆源等处，广东之惠州等处”铁厂以开财源；彭玉林主张“清查厘金”，对“食盐每斤加价钱二文”；吴大澄主张“陆军裁八留二，所节之饷，半归户部，作为海师经费”；穆图善则主张“议减漕运，将江南、江西、浙江、湖广漕米、耗米均改折色，由仓场采买，官俸兵食或给折价，或给麦石”和“上海、闽粤各机器局报销宜核实，并节省出使经费。”等等。
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