郑敦谨进行了将近半个月的审讯后，曾伯函不过是淡淡的提示郑敦谨，恐怕案子还得象以前那样奏结。曾伯函迟迟不肯就任两江总督，又表现出对刺杀案的消极态度，也让很多官员怀疑其中另有隐情。
其次是复审官刑部尚书郑敦谨的异常行为。郑敦谨是湖南长沙人，韶光进士，历任广东、河南、山西、陕西、直隶布政使，山东学政，都察院左都御史等职，素有“铁面无私”的声誉，后升任刑部尚书。刺马案发生后，仁曦太后命郑敦谨前往复审，郑敦谨得谕后即刻星夜兼程抵达江宁，立意要将这个天下疑案审个水落石出。故而其抵达江宁后，稍事休息，便开始审案。怎料审案月余，案情仍与此前无异。最后，郑敦谨和曾伯函联名上奏审案结果。奏结虽然更加详细，行文更加缜密，但基本内容却仍照原奏拟定。所不同的是，第一，特别强调张文祥听授海盗指使并挟私怨行刺，实无另有主使及知情同谋之人。第二，对张文祥量刑更加残酷，除了拟以凌迟处死外，又增加了一条摘心致祭。最终，朝廷也不得不接受这一结案。但未等圣旨下达，更没等张文祥正法，郑敦谨便匆匆离开了江宁，曾伯函送的盘缠他分毫未受，他的两个随行的助手刑部郎中颜士璋和伊勒通阿倒是每人收了曾伯函的五百两银子。郑敦谨并未回京交旨，走到清江，他声称有病不能回京，只打发两个助手代他复旨。按照朝廷规制，钦差大臣不回京复旨是要治罪的。随后朝廷下谕旨命其回京，但郑敦谨坚持以有病为辞，请求开缺，并终生不再为官。郑敦谨的两个助手回京后，颜士璋被放到兰州作替补知府，旋即回籍赋闲；而伊勒通阿随后也奉旨回乡颐养余年。
而会审官孙衣言给马新贻写的“神道碑铭”更是耐人寻味。碑铭称，“贼悍且狡，非酷刑不能得实。而叛逆遗孽，刺杀我大臣，非律所有，宜以经断，用重典，使天下有所畏惧。而狱已具且结，衣言遂不书诺。呜呼！衣言之所以奋其愚憨为公力争，亦岂独为公一人也哉！”孙衣言为江苏候补道，马新贻的亲信，他自始至终参与了刺马案的审理。此文一出，震惊朝野，舆论大哗，仁曦太后自然明白其中大有隐情。但是，又奈之若何？前后介入的审讯官员已达五十余位，审案也已长达八个月之久。马新贻已作古，朝廷无非加恩赐恤，以慰忠魂。仁曦太后又发布上谕赏加马新贻太子太保衔，照总督阵亡例赐恤，入祀贤良祠，列国史传，并赐谥端敏。又令在江宁、荷泽、庐州等地建立专祠，春秋官为之致祭。其子马毓桢加恩赏给主事，分刑部学习行走。
对于朝廷的处理结果，马家人极为不满，马新贻的弟弟马新佑坚称“疑案未明，死不瞑目”，在编写完马新贻的年谱后抑郁成疾，不久病亡，马新贻的儿子马毓桢（本为马新佑之子，因马新贻和夫人金氏无后，马新贻又拒绝纳妾，遂过继马毓桢给马新贻为嗣子）也因“连丧二父”而大受打击，精神一度失常。
岛津洋子在接触到这个案子的时候，先对当时两江一带的情形和大乾帝国的整体局面做了背景分析，然后结合案情和主审官员们的种种怪异表现，最后她得出的结论，刺马案实出自湘军集团谋划。
但湘军集团为何要置马新贻于死地呢？岛津洋子认为马新贻之死，发端应在彤郅七年仁曦皇太后曾召见他，密旨让他调查湘军攻陷天京后圣平天国金银财宝的去向。
岛津洋子的这个推论是从马新贻为何被任命为两江总督开始的。
彤郅七年，仁曦太后召见时为浙江巡抚的马新贻，提拔他接任赴任直隶总督的曾伯函，担任两江总督一职，并给予其密旨，赐予银牌，命他秘密调查湘军攻陷天京后圣平天国的金银财宝下落。
圣平天国在天京经营十年，各种物资和粮饷自不必说，天王府内各种金银财宝更是堆积如山，其他王府、将军府也有不少库藏。曾伯恒在攻陷天京后，放纵手下湘军抢掠了数天，然后便放了一把火，大火烧了数天数夜不熄。湘军将大量的财宝中饱私囊，大车小车，大船小船的向湖南老家运送财物，数年中，湘军子弟抢购土地遍及湘鄂两省，一时间朝野议论纷纷。敬亲王宜欣闻讯后大为不快，仁曦太后心中更是恼怒万分。当时朝廷曾让曾伯函查报圣平天国的“圣库”下落，两江总督曾伯函却对以天王府已经被大火烧毁，瓦砾全无，这自然令人怀疑，于是便派与湘军系统毫无关系的马新贻来暗中查办此事。
据马家人对岛津洋子派去调查的人的讲述，马新贻接到密旨和银牌之后，深知事关重大，他从养心殿出来回到贤良寺住所之后，浑身大汗淋漓，惊恐万状，颇为失态。而且按照常理马新贻难得进京，本应到处拜客，在官场中应酬，可是这一次马新贻却匆匆忙忙的离开了京城。他在去江南的路上，曾经请假回乡祭祖，当其启程时，曾将两位兄长招致身边，秘密叮嘱：“我此去江南吉凶难料，万一有不测之事发生，千万不要到京城告状，一定要忍气吞声，方能自保。”马氏兄弟听后，俱都惊恐不已。
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