再说段芝贵迭接败耗，不料他数年心血，竟毁于一旦，三天的考验才知道皖系的军队如此“不经一战”。他虽然不算一个刚强的军人，但这时真想自戕，幸左右监护严密，劝他不必寻短见，因为直军虽已开火，成为敌人，究竟还有同袍之谊，是不会过分的。于是他把靳云鹏找来，靳这时见到老朋友，也不知用什么话安慰他，段只是简单地说：“事已至此，你和他们还可以谈话，赶快去和他们商讨停战吧，条件方面我没有什么意见，只希望不要把战争带进这西安城。”
靳云鹏从大雁塔下的段公馆出来，就去找傅良佐，请他去保定跑一趟，代表靳自己向曹锟的直军求和。傅到了保定径赴直隶省长公署求见代理直隶省长的曹锐，曹锐没有见他，也不准他离开，他便被囚于省长公署。
此时的西安城内紧张万分，前线军队狼狈退下。段芝贵没有办法，只好亲自去见陕西都督张凤翙，请张下一道停战令，免得西安城不可收拾。张待段辞出后，望着他的背影，冷笑说：“早知今日，何必当初呢？”这位张都督原清朝协统，武昌起义后被推为都督，不过手底下千数人枪，当然不是皖军这支北洋精锐的对手，好在当时段芝贵也没有赶尽杀绝的想法，所以名义上张凤翙还是陕西地面上的土皇帝。
当天，张凤翙颁下停战都督令云：
“前以各路军队因彼此误会，致有移调情事，危及陕山两省之安全，当经协商公议一律退驻原防，共维大局。乃据近日报告，战事迄未中止，群情惶惧，百业萧条，嗟我黎民，何以堪此？况时方盛暑，各将士躬冒锋镝，尤属可悯。希请各路将领，迅饬前方，各守防线，停止进攻，听候调处解决，勿以兵火过境为盼，此令！”
19日，段芝贵通电引咎辞职，电云：
“保定曹上*将军、天津曹省长、盛京张巡阅使、南京乔总统、济南吴总长、归化蔡都统、宁夏马护军使同鉴：＇近日叠接内外团体警告，以陕山两省民生受难，生命财产极关紧要，战事如再延长，危险宁堪言状？应令双方即日停战，速饬前方各守界线，停止进攻，听候明令解决＇等因，芝贵当即分饬前方将士，一律停止进攻在案。查芝贵此次编制皖军，防护三晋，盖以振纲饬纪，并非黩武穷兵，乃因德薄能鲜，措置未宜，致召外人责言，上劳主座之廑念。抚衷内疚，良深悚惶！查当日即经陈明，设有贻误，自负其责。现在亟应沥陈自劾，用解愆尤，业已呈请共和国国防部，准将督办西北事务，管理将军府事宜各本职，暨陆军上*将本官，即予罢免；并将历奉奖授之勋位勋章，一律撤销，皖军名义，亦于即日解除，以谢国人。谨先电闻。”
皖系之败，不只在东西两战场上，而且在各自的外交方面，直军有奉军互为犄角，而皖军外有强敌，内有隐忧，强行用兵，鲜有不败的道理。
作为国防部的大佬，吴宸轩对段芝贵的请辞，很是哭笑不得，毕竟这些官衔都是前清时代的产物，至于督办西北事务压根就是段芝贵自己往脸上贴金，谁也不认的官衔。但是捏着鼻子也得认下这件事情，于是国防部一纸电令就把皖军几位将领都给免了宣布皖军驻防原地，维持治安，等候国防部派人点编。同时饬令直军各部严禁越过实际控制线，进入潼关。
吴宸轩同时发布国防部长令，宣布调集奉系一个师，湖北民军一个混成协和国防军第七集团军第5步兵师由豫西过潼关入陕西平灭变乱，绥靖地方。一场围绕三秦大地归属的明争暗斗即将上映。
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