土肥原四郎看石原四郎一脸真诚，他道：“好吧，你去安排，还有尽快，不要让瘟疫蔓延到侨民和军队。”
石原四郎根据土肥原的命令，很快就对新加坡和重要的城市还有原料生产地进行了清理，而马来半岛则是重点区域，这里比较小，优势战略要地，土肥原不希望出现什么大事。
而马来的土著则遭了殃，一般的土著要是感冒发烧了不敢去治疗，对于这样的人，日本人一旦发现直接当瘟疫患者处理，他们不是救治，而是消灭后焚尸灭迹，得了病被日本人发现了就是死路一条了。
而印尼人则没有那么好的运气了，马来半岛的人口只有几百万，比较好防治，但是印尼的三个大岛集中了印尼百分之九十的人口，一个到最少也是一千万，爪哇岛更是有两千多万人，根本无法防治，瘟疫已经四处蔓延，现在谁也没办法得知谁感染了，谁没有感染。
等待印尼人的只有泰国人一样的下场了，而当地的华人大部分集中在重要的城市，日本在这里进行了防治，因此他们大多数人侥幸的躲过了这一劫，不过因为其他地方的瘟疫使得日军的收入极大的减少，因此日本人对他们的盘剥更加的厉害，基本上只是让他们能活下去，但是这样已经算是不错了，之前日本人在印尼、马来亚日本人不但自己屠杀华人同时还怂恿土著对华人进行残害。
而印尼和马来发生瘟疫的时候，菲律宾差不多在随后的几天也爆发了瘟疫。因为日本封锁消息，土著们知道的事情都是对日本有利的报道，大多数人并不知道外界的事情，更不知道东南亚的大瘟疫。
在菲律宾马尼拉的本间雅晴虽然知道泰国的瘟疫，但是并没有提醒他要注意防治瘟疫，他自己也压根没想过隔着宽广的南海，瘟疫还能传到菲律宾，他一直认为需要担心的是退守西贡的中村明人和在马来亚的土肥原贤二，因此菲律宾并没有加强人口流动措施。
不过到菲律宾的泰国人比较少，毕竟距离太远，所以没有到处爆发，但是人口最多的主岛却没有幸免，而且因为土著们发病的不敢上报，所以导致了大量的人被感染，有的很快发作，有的人病毒在身体内潜伏起来，随时发作，甚至还有的人不会发作，但是会一直潜伏，但是别人接触他则会感染，然后发作，不知这种人是万中无一的。
瘟疫在菲律宾迅速的扩大了，而且驻扎在菲律宾的日军又多，很快在军队内也出现了一些感染者，一时间日军人人自危，再也顾不得防治什么瘟疫了，很快他们就将自己和外界的土著隔开，同时他们不得不让石井四郎过来防治瘟疫，至少要保住日军。
王汉章也终于知道了原来瘟疫是日本人搞的，因此在国际上强烈的控诉日军的行为，同时派人拍摄了大量的照片，一时间盟国争相报道，连德国等轴心国也对日本的做法表示谴责，这种事情虽然很多国家都干过，但是都是秘密进行的，向日本人这样公开的做这种事情实属罕见。
而日本也指责是秦国干的，不过在秦国列举了大量的证据之后，没有人相信是秦国干的，首先日本不战而逃离泰国就是最明显的事情，日本人不可能这么做，另外日本在中国使用毒气弹、细菌弹早就报道了无数次了。
英美等国看日本的细菌武器威力如此惊人，也十分的担心，他们们加快了药物的研制，万一真的日本人狗急跳墙，到时候自己也好防治。同时美国的登陆菲律宾的作战计划被迫搁置。
而日本方面，瘟疫已经全面爆发，没有办法防治了，除非他不打仗了才会有精力。
到秦军反攻印尼、菲律宾时，原本印尼7000万人口之剩下了两千多万，菲律宾1600万人口因为分散在各个岛屿上，加上其特殊的地位，后来因为发病或者被日军怀疑杀掉的有600多万，剩下九百多万人口。这为日后将这些地方纳入华夏文明圈极大的减少了阻力。
同时瘟疫横行，日本在此地的税收受到严重的印象，有些人是染上了瘟疫死的，有些人则是饿死的，同时日本为了保证矿产资源的生产，大量征集土著，压迫致死。
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