尹恒表面上没有表现出异样，暗中以“变异的宝石月季刚被破坏，这边就来了人，担心他们的身份是否属实”为理由，联系了谢主任，得知这些工作人员确实属于御兽师协会。
即使如此，他也没有立刻相信那些工作人员，而是留了些心眼，悄悄保留了一些枝条，同时用设备记录下了工作人员的来访。
工作人员顺利地完成了取样，过程无事发生。
数天后，尹恒被污蔑培育出的变异宝石月季有问题，只能在表面上恢复黑雾伤害，实际上不仅无法治愈伤势，而且还会损耗精神力。
此时，尹恒自己留下的宝石月季都因为不明原因枯萎。他通过规则书，知道这些灵植被洒了隐蔽的药剂。
御兽师协会中有人因此提议要处罚尹恒。
尹恒利用提前保留的证据与样本和对方周旋，同时，祥龙和谢主任在后方调查幕后黑手，最后成功翻盘，揪出了御兽师协会内部的一部分内鬼。
但经过这件事之后，御兽师协会自身的权威性受到质疑，而且因为减员出现了人手不足的情况，内部有人提议让普通公司接手灵植的培育。
尹恒仍然觉得不对劲，将计就计，答应了对方的条件。
祥龙那边查到了黑雾教派的一些信息。认为这次事件的策划者是黑雾教派中一名擅长使用阴谋诡计的成员，那名成员策划过许多恶性的事件。
这时候，邵云轩找上门来，希望参与到这次与黑雾教派的对抗之中。
后续，尹恒得知，这名师兄和黑雾教派结仇的根源，就是那名阴谋家策划的事件。在那起事件中，邵云轩的灵兽重伤，被黑雾污染，一直处于垂死的状态。
如果解除契约，失去精神力支持的灵兽必然丧命。因此，邵云轩始终不愿意解除契约，精神力因此一直受到影响，自身的实力一直难以增长。
但他还是会不断勉强自己进行修炼，透支着精神力。他之前回避导师的作业，以及躲开擅长医术的师妹，就是不想被发现这些细节。不过，同门的其他人其实都清楚这些。
尹恒在调查的过程中，发现那名阴谋家同时还是导致王叔家人逝去的罪魁祸首。
一番争斗之后，成功战胜那名阴谋家，同时发现之前接下灵植培育任务的公司也是在为黑雾教派办事。
借此事件收集了不少证据，整顿了御兽师协会内部，同时搜出不少资料。
借助这些信息，组织了一次针对黑雾教派基地的反击，全方位地清除了一波祥龙国内部的黑雾教派势力。
在这个过程中，尹恒确定，黑雾教派的目的仍然是想要拉他入伙。他们特意想让他对御兽师协会产生负面观感与不信任感，离间他和御兽师协会。
最后，祥龙国在对抗黑雾教派上取得了优势，大幅挫败了祥龙国内部的黑雾教派势力。
然而，六国之一，以商业为主的群岛联邦却突然发生了巨变，支持黑雾教派的人员上台，直接将一整个国家化为了黑雾教派的根据地。
——
第三卷，狂澜
这一卷中，各个国家互相征战，对抗。
大部分国家都倒向了黑雾教派，而且，其中有部分国家其实早就有人和黑雾教派有着合作，并趁机夺权站上了舞台。
对抗的过程中，尹恒逐渐了解到了黑雾的真面目，以及自己穿越的真相。
千年前，这个世界的灾难刚爆发时，这个世界的尹恒在机缘巧合之下，获得了奇特的力量。那股力量就是规则书的来源，可以将其认知为世界的核心。
黑雾是入侵者，是精神上的剧毒，也可以认知为某种纯精神存在的上位生物。它们已经毁灭了不少世界。这次的灾难，就是它们想要吞噬这方新世界导致的。
大陆中部的内海中心是一处黑雾旋涡，也是空间裂口，黑雾不断从中涌出。
因为规则书的来历，尹恒对黑雾有本能的厌恶。
尚未被黑雾彻底消灭的上一方世界把最后的力量倾洒向这个世界，让人们觉醒了精神力，也让规则书觉醒，选择了尹恒作为它的主人。
尹恒意识到这是对抗灾难的关键力量，主动利用规则书的力量创造新的灵兽，对抗黑雾。
在那个时空，他已经大学毕业，在外地工作。当灾难发生时，他正好休假，带着自家边牧墨云在外散步，路过一处小学，不幸地和学校的师生们一起被卷入了秘境之中。
之后，世界支离破碎，陆地重组，离开秘境也无法回到原本的地点。尹恒利用规则书的力量，将墨云转化为一只焰纹犬，带着它，和其他幸存的人员们一起，一边保护着灾难中幸存的学生，一边艰苦求生。
祥龙也是在这个过程中被尹恒培育出来的。不过，它没有和尹恒签订契约，而是在尹恒的安排下，成为了一名学生的灵兽。
蜃龙同理。
在这段旅程中，对这些学生而言，尹恒是一名亦师亦父的存在，他们相当敬仰尹恒。而这些学生中，有几名成为了后世的大人物。
当年，成长起来之后，尹恒和黑雾进行了决战。然而，关键时刻，一名学生被黑雾蛊惑，背叛了他们，选择站在黑雾一方，认为黑雾才是人类真正的未来。既然黑雾不可战胜，迟早吞没一切，人类应该早早适应它们，尝试在它们的浸染下保留一丝理智，而不是徒劳地进行反抗。
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