既然电影的背景是人类和机器的战争，母体当然也派出了打击反抗军的军队，它们被称为“特工”，每一个特工在母体所构造的虚拟世界里都能上天入地，无视大多数物理规则，到处追杀反抗军。
为了能够击败特工，尼奥进行了特训，在一系列观赏效果极佳的训练场面过去后，尼奥仍旧打不过特工，尤其是特工首领，史密斯。
剧情的转机来自女主角崔妮蒂的吻和表白，在一段优美的感情戏后，尼奥忽然开了挂。
母体中的世界在他眼中变成了数据流，他就像一个程序的管理员一样洞悉这个程序的所有数据，且能依此提前预知特工们的下一步行动，并在这种情况下不费吹灰之力地杀死了史密斯特工。
非常漂亮的故事，非常惊人的构思。
可“爱拯救一切”的逻辑让一切变得平庸——不是说这个故事本身平庸，而是“爱”在这里表现得太模式化了，太标准了，以至于显得十分虚假。
好在打斗十分精彩，而且故事显然还有很长一段后续，克莱尔稍微降低了一点期待值，继续看了下去。
接下来的剧情开始向现实世界倾斜，在尼奥杀死了史密斯后，反抗军在现实中的根据地，锡安，受到了母体所派来的军队的打击。
为了赢得战争，尼奥在先知的指引下，决心去寻找母体的主机。
他在主机室里见到了“程序架构师”。
尼奥问他：“我为什么来到这里？”
“你的生命是母体编程过程中一个内在不平衡等式的余数之和。你是一个变异的总数。我用尽了一切办法也不能消除余数，以达到数学上所特有的精准与和谐。”程序架构师回答。
大厅中响起一阵骚动，这段对话实在是太艰涩和难以理解了，就连克莱尔都只能半懂不懂地理解到一点点。
母体是一个程序，这个程序是为了让人类安稳地生活在其中而诞生的，它并没有逻辑上的完全自洽——程序架构师能做到这一点，可人类却无法接受一个逻辑自洽的世界，人类这种生物只能在混乱的世界里才能生存。
所以程序架构师只好设计一个带有漏洞的“母体”给人类。
而尼奥，就是这个程序中的漏洞的总和。
他被先知指引着来到程序架构师面前，而被毁灭以重塑母体世界，就是他诞生的理由。
从这里开始，电影的走向变得难以理解起来。
程序架构师给了尼奥两个选择，融入母体以拯救人类，或是放弃融入，放弃这么久以来的坚持和努力，去拯救崔妮蒂。
尼奥选择了后者。
其实这一部分的感情戏依然显得非常生硬，简直是“为了爱而爱”。
这一段剧情给克莱尔一种错觉，好像它根本不是为了展现人性的、打动人心的爱，不是为了令观众感动和理解存在的。
它只是简单地、直截了当地告诉观众：
我不关心逻辑。这行为无关逻辑，只是人类。
该死的是，经过了这样漫长的故事后，在整体氛围极其冰冷的过程里，克莱尔竟觉得被这样简单粗暴的感情戏说服了。
尽管理智上不喜欢，不接受，觉得荒诞……
但是的。
这很人类。
因为尼奥选择了崔妮蒂而没有选择融入母体，接下来人类必须面对机器人大军，紧接而来的又是大段大段的打斗剧情，史密斯特工复活，同尼奥进行最终决战……
这部分无脑打斗非常有效地舒缓了观众们的情绪，但克莱尔总是忍不住去回想程序架构师。
还有先知。
她隐约觉得这部电影讲述的东西远比她能够理解的要大，可她理解不了这故事到底是在讲述什么。
直到尼奥和史密斯一同死去，最后的最后，先知与程序架构师并肩坐在长椅上看着远处的霞光，她才如醍醐灌顶般认识到这个故事到底是在讲述什么。
它在讲机器的进化。
也许不仅仅讲述了这个，可毫无疑问讲述了这个，并以此为整个电影的核心。
机器的优越性就在于其逻辑的严密和完美，它不会出错，永远自洽，是最顶级的实干家，可局限性也就恰恰在这里，如果现有的逻辑已经足够完美，它为什么要更换和突破现有的逻辑？
因为世上没有完美。
完美本身就是一种不完美。
机器完美自洽的逻辑犹如一个闭合的环，固然它不会犯错，可它也无法挣脱原有的自我，通俗一点说就是这个系统锁死了，没办法升级。
要想进化，就必须打破原有的逻辑。
用什么来打破呢？
……爱。
并不局限于情人之间的爱，这部电影中的“爱”其实更像是“感情”，这是机器所没有的，也是机器所需要的。
可能有其他东西能让机器进化……但显然，它建造了母体，储存了人类的精神，并试图从人类身上得到答案。
它所得到的答案只有一个。
“……啊，我亲爱的疯机器。”黑暗里，洛轻声叹息，“这么多年，这么多世界，这么多困惑……你追寻的，你渴望的，你缺少的……”
她明明那么恨亚历山大，恨不能生啖其血，说这句话的时候语气中却有着那么深切的怜悯。
亚历山大纹丝不动地坐在荧幕前，光幕印出他面无表情的脸。
“……就在你身边。”洛轻轻地说，“但你读不懂，也看不见。”
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终于写到了这里。
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