但是这里就出现了一个BUG：为什么Matrix一定要用人类来作为能量来源？根据能量守恒定律，人类在产生能量的同时，也在消耗着相同的能量，怎么可能有多余的能量提供给机器运行？而且地球被黑暗笼罩，那么人类赖以生存的空气，食物，水从哪里来？人类又不是土豆，不可能在地下生存的啊。
如果按照莫菲斯的说法，人类是作为电池而存在的，因为太阳能被人类以两败俱伤的方式遮蔽了。这一点着实古怪，大气层的高度一共才多少？科技水平落后的人类能把锡安建立在距离地表两千九百公里的地核附近，更加先进的机器反而面对几百公里的距离就束手无策了吗？（现实社会已经能够建立太空发电站，在卫星上安装太阳能电池板，将太阳能直接转换为电能，再将电能通过微波束发回地面重新转化为电能，一个标准收集站的发电功率可以达到五十亿瓦，相当于五个大型核电厂的发电量）就算不能利用太阳能，风能、地热能、核能总可以吧，人类的生物电实在是太微小了。实在不行，养猪也可以获得生物能啊，不仅繁殖力远远超过人类，而且永远不会出现反抗意识。
每每看到这里，王杨百思不得其解。直到后来查阅了大量资料才逐渐明白，机器这么做也是迫不得已的。
首先，从自然科学的角度上讲，任何封闭系统都会用尽它的秩序（低熵），将走向混沌和混乱（高熵），被人类和机器摧残的地球也不是例外，当地球的资源耗尽（第六代Matrix所对应的锡安靠近地心，这说明地球资源开发已经到达地核位置，所有的自然资源即将消耗殆尽），人类和机器的共生是唯一的出路：按照热力学第二定律，封闭系统的熵（系统混乱程度）总是要不断增加。人的思维活动是消耗高熵的食物产生低熵的思维，这个低熵能量正是机器需要的。因为任何能量转化最后的结果都是高熵的、不能被再利用的热能，只有人类是相反的，所以机器要用人类当电池。人高度的秩序的思维能量产生低熵，供机器使用，而机器则提供人类生命的基本需要。
其次，就是进化的需要。我是谁？我从那里来？我为什么而存在？这是所有智慧生命诞生的第一个标志——自我意识的产生。无论它的本体是什么，哺乳动物，植物，或者是机器。不过产生自我意识，只是觉醒的第一步，距离自由所定义的解放自我还有非常遥远的一段路要走。而这段不停走向自由，渴望更高生命层次的路就是进化之路。
在黑客帝国里，机器虽然成功地“翻身农奴把歌唱”，成了地球新的主人，但是在进化之路上，它们却陷入了一个死循环。机器在发展的过程中不断的产生自我,完善自我。虽然更为精致,更为智慧,但这是一再重复着的没有本质变化的原地踏步。无论Matrix系统升级了多少代，都只能使得自己更加稳定、更加符合数学和逻辑，却不能实现质的突破，进化成为更高层次的生命形式。
最明显的证据就是，在现实社会里，人类文明终结在1999年，而在Matrix中，则不断重复着1999年的社会状况，没有创新，没有进步，即使Matrix已经升级到第六代，即使时间已经过去了六个世纪，直到墨菲斯也不能明确地知道具体是哪一年。Matrix系统始终在原地转圈，既解决不了作为百分之一存在的系统不稳定因素（自主意识过强的人类），也消除不了作为哥德尔命题存在的救世主（尼奥）。
正如莫菲斯所说，命运确实充满了反讽。当人类目空一切地自以为能够掌控世界的时候，却没有意识到自己制造的人工智能正在成为自己的掘墓人；当机器成为新的统治者、却在为自身进化陷入死循环而焦头烂额的时候，却意外地发现，进化之路的钥匙原来就在被自己评价为低等生命、作为能量来源而进行批量豢养的奴隶——人类手中。机器的本质是一系列的代码和数字，是无穷的是非判断；无论物理架构还是逻辑思维，人类都望尘莫及。但是，人类有情感，有智慧，有丰富的创造力，人类的感性思维和潜藏在骨子里的反叛精神就是生命产生突变的最好土壤。即使只是从数学上讲，机器也不是什么东西都能学习的。人的思维是一个VCdimension无限的函数集。因此，从数学上说，计算机要完全仿真人类思维是做不到的：不论运算能力多强，也不能在全部函数定义域一致收敛。所以锡安必须存在，机器必须和人进行交互，让一部分人有自我独立的思维，通过这些思维升级程序的逻辑，并且利用救世主带回代码置入源程序，升级Matrix。
也就是说，锡安这些具有自由意志的人类，对于机器的关键作用，怎么形容都不过分。换位思考一下，这样一个极端重要的、关系到自身进化的存在，会任由他处在无法控制的状态吗？而对于机器来说，最好的控制是什么？还有比虚拟世界更让人放心的所在了吗？只有虚拟空间里的行为才容易被记录和控制，机器的优势就在于这种成体系的精确性。如果是真实世界里的各种现象，尤其是涉及到人类高度私密性的情感活动和非理性行为，机器要系统地记录下来和分析研究，何其难哉？
在这种情况下，既然机器能够创造出第一层Matrix，为什么不能创造第二层Matrix？
当然，王杨说这些，纯粹只是为了安抚尼奥。以尼奥现在的精神状态，想要让他突然全盘接受这一切太困难了。因为这意味着他之前的一切都被否定了。从一个高级程序员摇身一变，换上了为解放全人类而奋斗的钢铁战士的马甲，这个反差太大了。想要在最短的时间内让这只菜鸟接受现实，最简单有效的方法就是给他描述一个更加严酷的现实。
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